Neo-Tokio está en estado de alerta. Kaneda y Kay tienen a Akira bajo su cuidado, pero aún no saben quién es y se ocultan con Chiyoko, una proveedora de armas. Mientras tanto, el gobierno planea echarle al Coronel la culpa por el desastre del laboratorio y el satélite, pero el militar ya no está dispuesto a esperar a que los políticos debatan y negocien mientras el ser más peligroso de la historia anda suelto. Por si fuera poco, Miyako comienza a participar en el enredo y envía a Sakaki, una niña con ciertos poderes, para obtener a Akira, pero Nezu aprovecha su vínculo con Ryu para engañar a Kay y secuestrar al niño. Ahora todos los actores convergen en la mansión del anciano con el mismo objetivo: llevarse a Akira. Con todo, los sucesos se desarrollan de manera inesperada y la catástrofe predicha por Miyako azota Neo-Tokio…