Un mundo donde Shinji Ikari detuvo el Proyecto de Complementación Humana… La Agencia Militar Secreta NERV se ha recontituido como “NERV JPN” y los Niños, ahora de 17 años, se preparan para la Segunda Llegada de los Ángeles bajo el mando de la Comandane Suprema Misato Katsuragi.
Sin embargo, Rei N.º Quatre, uno de los clones de Rei Ayanami responsables de la Red Global de Prospección y Eliminación de Ángeles, pierde el control repentinamente, dispara su cañón láser de rayos gama contra la Unidad 01 pilotada por Shinji y desaparece…
Este relato alternativo de Evangelion, retomado una década más tarde, parte de una disyuntiva con el episodio 24 del anime.