Esta edición especial recopila dos grandes historias, Majora’s Mask y A Link to the Past. En Majora’s Mask, el travieso Skull Kid usa una máscara maldita que convertirá a nuestro héroe en Link Deku. Él deberá detener a este travieso villano y evitar que la luna caiga sobre el mundo el día del Carnaval del Tiempo. A Link to the Past narra la aventura de Link, quien inesperadamente es llamado por la Princesa Zelda. El Reino de Hyrule está en grave peligro y la única manera de detener a las fuerzas oscuras de Agahnim es recuperando la Espada Maestra.